未來醫(yī)生的必修課:菌群生態(tài)(2)
2010-12-09 13:43
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來源:中新網(wǎng)
作者:水**南
責(zé)任編輯:水北天南
[導(dǎo)讀] 菌群生態(tài)或稱為未來醫(yī)生的必修課,盡管生態(tài)微生物學(xué)提供了一個(gè)框架來理解人類微生物群落,但它的所有方法和原則,離臨床應(yīng)用都還有一定距離
另一位合作者是戴維?瑞爾曼,在加利福尼亞斯坦福大學(xué)研究人體微生物群落。班菲爾德和研究小組開發(fā)了一種技術(shù),能從大量微生物DNA序列碎片識(shí)別出它們的屬系和品種,用軟件來分析各菌種的身份特征、新陳代謝及功能,以揭示菌群的生化過程。對(duì)比之下,當(dāng)前通行的16S核糖體RNA基因測(cè)序和一些自動(dòng)化生物信息分析難于顯示相近微生物屬種間的不同,很難揭示一些細(xì)微的基因重排。
但這種方法只能用來分析簡單的群落,比如理查曼德礦帶,其最大數(shù)量的菌種占了整個(gè)群體的40%。而成人腸道含有數(shù)百種微生物,數(shù)量最大的菌種只占4%。“但我們的研究并非不可進(jìn)行。”瑞爾曼說,他想同樣細(xì)致地分析人體微生物,早產(chǎn)嬰兒是實(shí)驗(yàn)班菲爾德技術(shù)的最佳對(duì)象。每個(gè)早產(chǎn)新生兒體內(nèi)菌種只有12種左右,與酸礦廢水相當(dāng),加強(qiáng)護(hù)理病房制造了一個(gè)無菌的、高度控制的環(huán)境來研究它們。
3人在一年前開始了合作,把班菲爾德的技術(shù)用在了早產(chǎn)新生兒身上,他們集中于健康嬰兒。莫羅維茨每天采集新生兒糞便樣本,分離DNA送到高通量測(cè)序中心,將數(shù)據(jù)發(fā)給班菲爾德和瑞爾曼;瑞爾曼用16S測(cè)序做菌種和數(shù)量普查;班菲爾德選擇一些節(jié)點(diǎn)作更詳細(xì)測(cè)序,分析種類和基因情況。
他們研究了孕28周早產(chǎn)嬰兒在前三周里的生命情況,追蹤了微生物群在種類數(shù)量上詳細(xì)快速的變化,以查找是否存在某種特殊的細(xì)菌或菌群與NEC有關(guān),并協(xié)助預(yù)測(cè)哪種嬰兒容易染病,進(jìn)而找出預(yù)防辦法。進(jìn)一步,他們希望繪制出新生兒腸道菌群的簡化模型,將這些生態(tài)原則擴(kuò)展應(yīng)用到人類的微生物系統(tǒng)中。
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