X射線晶體衍射是人們了解原子世界的利器,這一技術(shù)為人們解析了大量的重要生物學結(jié)構(gòu)。今年是這一技術(shù)的百年誕辰,本期《自然》(Nature)雜志以特刊形式,介紹了X射線晶體衍射的過去、現(xiàn)在和將來。
1914年,德國科學家MaxvonLaue因為發(fā)現(xiàn)晶體中的X射線衍射現(xiàn)象,獲得了諾貝爾物理學獎,這一發(fā)現(xiàn)直接催生了X射線晶體學。從那以后,研究者們用這一衍射技術(shù)解析了大量復雜分子的晶體結(jié)構(gòu),從簡單的礦物、高科技材料(如石墨烯)到病毒等生物學結(jié)構(gòu)。隨著這一技術(shù)的不斷改進,出成果的節(jié)奏也越來越快。現(xiàn)在蛋白晶體成像的分辨率已經(jīng)實現(xiàn)了突破,能夠區(qū)分單個原子。而新X射線源實現(xiàn)了對困難蛋白的成像,這些蛋白難以甚至不能形成大晶體。
VonLauehit的理論是,當X射線通過晶體時會發(fā)生衍射,而衍射模式可以體現(xiàn)原子的定位。1912年,VonLauehit及其同事用硫酸銅驗證了這一理論。
自1971年以來,全球蛋白數(shù)據(jù)庫(WorldwideProteinDataBank)就在不斷收集蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),目前已經(jīng)收錄了將近十萬個條目。包括晶體學開放式數(shù)據(jù)庫COD在內(nèi)的其他數(shù)據(jù)庫,收錄了各種物質(zhì)的結(jié)構(gòu),從礦物質(zhì)、金屬到小生物分子。
隨著成像和數(shù)據(jù)分析技術(shù)的進步,研究人員能夠獲得更細微的結(jié)構(gòu)信息,解決越來越復雜的分子結(jié)構(gòu)。
晶體學百年大事記
1913:鉆石
研究者們利用衍射成像技術(shù),明確了這一著名晶體中碳原子的四面體結(jié)構(gòu)。
1923:環(huán)六亞甲基四胺(Hexamethylenetetramine)
首個成像的有機分子。
1925:石英Quartz
確定這一硅酸鹽礦物的結(jié)構(gòu),為礦物學研究奠定了基礎(chǔ)。
1952:DNA
RosalindFranklin對DNA進行了X射線成像,這一圖像幫助沃森和克里克建立了著名的雙螺旋模型。不過直到1980年,人們才獲得了原子分辨率的DNA結(jié)構(gòu)。
1958:肌紅蛋白Myoglobin
首個成像的蛋白質(zhì),其結(jié)構(gòu)中的不規(guī)則折疊令人們非常驚訝。
1965:溶菌酶Lysozyme
首個成像的酶,源自雞蛋清。
1970:同步加速器
德國DESY(GermanElectronSynchrotron)的昆蟲肌肉研究,首次使用了同步加速器生成的X射線。這一技術(shù)大大推動了晶體學領(lǐng)域的研究。
1978:番茄叢矮病毒
首次在原子水平上成像完整的病毒。這項研究中的發(fā)現(xiàn),對人體病原體同樣適用。
1984:準晶體Quasicrystals
首次發(fā)現(xiàn)原子排列“反常”的晶體。
2000:核糖體
根據(jù)DNA指令裝配蛋白質(zhì)的重要分子機器。
2009:X射線自由電子激光器
美國SLAC國家加速器實驗室的直線加速器相干光源(LinacCoherentLightSource)投入使用,為成像技術(shù)開辟了新的天地。
2013:HIV三聚體
X射線晶體學成像了HIV與人體細胞結(jié)合的重要蛋白,解決了長期爭議。
未來
人們最希望成像的蛋白包括:幫助編輯信使RNA的剪接體,作為細胞核守門人的核孔復合體等等。這些結(jié)構(gòu)的共同點在于,它們都包含數(shù)百種蛋白,導致很難結(jié)晶和成像。也許可以將這些結(jié)構(gòu)分解成小塊進行結(jié)晶,然后再把它們拼起來,使用X射線自由電子激光器應該能夠有所幫助。
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