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NIPT臨床領(lǐng)域內(nèi)的新進(jìn)展

2013-06-12 17:43 閱讀:2976 來源:中國(guó)婦產(chǎn)科網(wǎng) 作者:網(wǎng)* 責(zé)任編輯:網(wǎng)絡(luò)
[導(dǎo)讀] 胎兒染色體非整倍體異常的無創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)(NIPT)得益于新一代高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,國(guó)內(nèi)外研究人員進(jìn)行了大量的臨床試驗(yàn)進(jìn)一步探討該技術(shù)在產(chǎn)前檢測(cè)中的應(yīng)用。

    國(guó)內(nèi)外臨床試驗(yàn)研究

    胎兒染色體非整倍體異常的無創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)(NIPT)得益于新一代高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,國(guó)內(nèi)外研究人員進(jìn)行了大量的臨床試驗(yàn)進(jìn)一步探討該技術(shù)在產(chǎn)前檢測(cè)中的應(yīng)用。

    2008年有兩個(gè)不同的海外研究小組(Chiu等人。 2008; Fan等人。 2008)采用大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(MPS)在妊娠21三體綜合征胎兒的孕婦的外周血中發(fā)現(xiàn)了超量的21號(hào)染色體。隨后,又相繼發(fā)表三個(gè)臨床試驗(yàn),再次驗(yàn)證了大規(guī)模平行測(cè)序(MPS)對(duì)染色體非整倍體的檢出具有高靈敏度和特異性(見表1)。于是,從2011年年底開始,美國(guó)產(chǎn)前臨床界開始利用NIPT對(duì)高危孕婦進(jìn)行檢測(cè)。Palomaki等人(2011)的研究驗(yàn)證了MPS對(duì)高危妊娠母體血漿胎兒T21的檢測(cè)擁有近99%的靈敏度和特異性,這里定義高危妊娠因素包括產(chǎn)婦年齡、家族病史,血清學(xué)篩查高危和超聲篩查高危。隨后該小組(Palomaki等,2012),又發(fā)表一項(xiàng)研究顯示MPS對(duì)T18檢測(cè)的靈敏度為100%,假陽性率為0.28%,對(duì)T13檢測(cè)的靈敏度為91.7%,假陽性率為0.97%.針對(duì)T13、T18和T21檢測(cè)的復(fù)合靈敏度為98.9%,復(fù)合假陽性率為1.4%.Bianchi等人(2012)也采用MPS對(duì)高危妊娠孕婦的血清進(jìn)行檢測(cè),但算法分析稍有不同。在這項(xiàng)研究中,NIPT針對(duì)T21、T18和T13檢測(cè)的靈敏度分別為100%、97.2%、78.6%;特異性皆為100%.他們還報(bào)道了NIPT也能檢測(cè)出其他染色體非整倍體,也包括易位型三體以及嵌合型三體。特別是,對(duì)X染色體單體檢測(cè)的靈敏度為93.8%,特異性為99.8%.此外,Bianchi等人同時(shí)認(rèn)為NIPT在不久的將來也可對(duì)其他染色體異常進(jìn)行篩查。Mazloom等人很快就進(jìn)一步證實(shí)了這一觀點(diǎn),他們?cè)诨贛PS技術(shù)的基礎(chǔ)上,通過構(gòu)建針對(duì)性染色體的分類算法,對(duì)包括[47,XXX], [45,X], [47,XXY], and [47,XYY]在內(nèi)的幾大性染色體綜合征進(jìn)行檢測(cè),其結(jié)果的復(fù)合靈敏度為96.2%,特異性為0.3%.這一結(jié)果提示無創(chuàng)檢測(cè)技術(shù)對(duì)特納綜合征、XYY、克氏綜合癥的檢測(cè)精確度接近常染色體,可以考慮將其應(yīng)用于臨床。

    另外一些研究人員采用選擇性的染色體分析方法。該方法是對(duì)母體血漿游離DNA的特定的染色體區(qū)域進(jìn)行測(cè)序(Sparks等人,2012)。最近發(fā)表了一項(xiàng)多中心合作的臨床研究,針對(duì)接受CVS或羊水穿刺術(shù)的孕婦人群,采用染色體選擇性的測(cè)序方法對(duì)T21和T18進(jìn)行檢測(cè)。(Norton等,2012)(見表1)。利用選定區(qū)域數(shù)字化分析(DANSR)方法以及FORTE算法進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估,預(yù)設(shè)cut-off值為1%進(jìn)行高風(fēng)險(xiǎn)與低風(fēng)險(xiǎn)的界定。結(jié)果顯示對(duì)T21檢出的靈敏度和特異性分別為100%和99.97%. T18的靈敏度和特異性分別為97.4%和99.93%.隨后又發(fā)表的一篇文章(Ashoor等人,2012)表明使用DANSR和FORTE方法在一項(xiàng)回顧性的病例對(duì)照研究中,對(duì)T13檢測(cè)的靈敏度和特異性分別為80%和99.95%.Zimmermann(2012)通過對(duì)166例樣本的染色體多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行選擇性的測(cè)序分析,并使用MATLAB (MathWorks, Natick, MA, USA) 實(shí)驗(yàn)室提供統(tǒng)的計(jì)算方法對(duì)染色體拷貝數(shù)進(jìn)行分類計(jì)算,其復(fù)合計(jì)算精度達(dá)到了99.8%,除一例45X因DNA質(zhì)量問題沒能檢測(cè)到,其余的19例染色體非整倍體達(dá)到了100%的靈敏度和特異性。

    這些研究證實(shí)NIPT在高風(fēng)險(xiǎn)孕婦人群中,針對(duì)T21、T13、T18的檢測(cè)是一種可靠的方法。

    同樣針對(duì)該項(xiàng)技術(shù),國(guó)內(nèi)也進(jìn)行了兩期大規(guī)模臨床試驗(yàn)。梁德生等人(2013)的一項(xiàng)412份有效樣本的回顧性臨床試驗(yàn),針對(duì)唐氏綜合征高危孕婦采用MPS進(jìn)行NIPT檢測(cè),結(jié)果顯示對(duì)T21、T18、T13復(fù)合檢測(cè)靈敏度為100%,復(fù)合檢測(cè)特異性高于99.7%.同時(shí),結(jié)果也印證了通過一次檢測(cè)可同時(shí)對(duì)全部染色體非整倍體進(jìn)行觀察。另外一項(xiàng)更大規(guī)模的前瞻性的臨床試驗(yàn)收集了超過2000份孕婦血漿(宋義軍等,2013),同樣采用MPS對(duì)T21、T18、T13進(jìn)行檢測(cè),檢出率為100%,假陽性率為0.05%.這項(xiàng)研究中低于35歲的非高齡孕婦都有血清學(xué)篩查結(jié)果作為對(duì)照,不僅證實(shí)NIPT擁有遠(yuǎn)高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查的靈敏度和特異性,更進(jìn)一步驗(yàn)證NIPT未來在中等風(fēng)險(xiǎn)及低風(fēng)險(xiǎn)孕婦人群的應(yīng)用。來自**的一項(xiàng)多中心合作研究顯示(Shaw等,2013),在100例極高危孕婦群體中,除一例45X由于DNA含量不足未能識(shí)別外,其余染色體非整倍體全部檢出,復(fù)合檢出率出為96.4%,而對(duì)低危組群的201例樣本未發(fā)現(xiàn)染色體異常,結(jié)果證實(shí)特異性為100%.

    不謀而和的是,國(guó)際研究也表明NIPT在中等風(fēng)險(xiǎn)人群中應(yīng)該具有類似的靈敏度和特異性(Nicolaides等人,2012),這預(yù)示著隨著越來越多臨床數(shù)據(jù)的積累,未來NIPT可以覆蓋到中等風(fēng)險(xiǎn)孕婦人群(Norton等,2012)。

    隨著NIPT 在臨床的大規(guī)模實(shí)踐,科學(xué)小組展開了越來越多細(xì)致深入的研究,F(xiàn)utch(2013年)等人最近總結(jié)了2012年2月-7月間5974例臨床樣本的檢測(cè)結(jié)果(見表1),并對(duì)可能影響檢測(cè)結(jié)果的生物相關(guān)因素做了討論,研究認(rèn)為,胎盤嵌合,母體的惡性腫瘤,母親嵌合體,雙胞胎中一胎停育等情況都應(yīng)考慮到基因組測(cè)序的過程當(dāng)中,并建立起一套無創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)的臨床性能參數(shù)。此外,孕周和DNA在母血中的百分含量也是影響檢測(cè)結(jié)果的重要因素,Wang等人(2013)對(duì)22,384份樣本分析發(fā)現(xiàn),母血漿中胎兒DNA含量與孕婦體重成反比,與孕周成正比,在10-21孕周間,胎兒DNA含量每周增加0.1%,超過21孕周時(shí),DNA含量每周增加1%.在初次采血DNA含量不足的情況下,平均3.6周后再次采血,DNA含量有普遍提高。

    隨著無創(chuàng)檢測(cè)技術(shù)的不斷發(fā)展,人們逐漸在嘗試通過MPS方法對(duì)染色體結(jié)構(gòu)異常進(jìn)行檢測(cè),Srinivasan(2013)對(duì)11個(gè)經(jīng)過核型診斷的胎兒游離DNA進(jìn)行了分析。對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行了大約109個(gè)25堿基目標(biāo)片段的測(cè)序分析。通過靶序列計(jì)算和歸一化處理,除四例嵌合體外,MPS發(fā)現(xiàn)了全部的7個(gè)缺失、重復(fù)、易位和20號(hào)染色體三體。其結(jié)果甚至好于核型分析。近期的報(bào)道也認(rèn)為(Lau,2013),通過生物信息學(xué)方法的不斷改進(jìn),基于MPS方法對(duì)胎兒染色體結(jié)構(gòu)異常進(jìn)行檢測(cè)具有可行性。可以預(yù)見,無創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)在不久的將來會(huì)有更為廣泛的臨床用途。

    國(guó)內(nèi)外指導(dǎo)意見/專家共識(shí)

    雖然國(guó)內(nèi)外臨床研究已十分廣泛的開展,但迄今為止,專業(yè)協(xié)會(huì)共識(shí)或關(guān)于NIPT的指導(dǎo)意見還為數(shù)不多。2012年ISPD發(fā)表聲明,在恰當(dāng)?shù)倪z傳咨詢引導(dǎo)下,通過其他篩查方法、母親年齡或家族病史確定為高風(fēng)險(xiǎn)的孕婦,可以進(jìn)行NIPT(benn等。2012A)。同年美國(guó)婦產(chǎn)科學(xué)會(huì)(ACOG)與美國(guó)母胎醫(yī)學(xué)會(huì)(SMFM)也共同發(fā)表委員會(huì)指導(dǎo)意見,推薦無創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測(cè)作為非整倍體高危人群的一種初篩檢測(cè)。學(xué)會(huì)同時(shí)詳細(xì)界定了非整倍體高危人群:1)母親年齡超過35歲;2)超聲結(jié)果顯示非整倍體高危;3)生育過三體患兒;4)早孕期,中孕期或三聯(lián)篩查、四聯(lián)篩查呈現(xiàn)非整倍體陽性結(jié)果;5)父母為羅伯遜易位。

    面對(duì)NIPT迅猛發(fā)展帶給臨床遺傳咨詢的種種問題,2013年1月美國(guó)國(guó)家遺傳咨詢師協(xié)會(huì)(NSGC)針對(duì)無創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測(cè)的遺傳咨詢發(fā)表指導(dǎo)意見。NSGC認(rèn)為1)NIPT當(dāng)前只作為產(chǎn)前染色體非整倍體評(píng)估的補(bǔ)充檢測(cè),其結(jié)果不能視為診斷,異常結(jié)果必須通過有創(chuàng)性診斷確診;2)因缺乏在中低風(fēng)險(xiǎn)人群中的臨床數(shù)據(jù)NIPT暫時(shí)不能替代現(xiàn)有的染色體非整體篩查方法;3)現(xiàn)有的臨床數(shù)據(jù)顯示NIPT只能涵蓋T21、T18、T13等,所以在孕婦檢測(cè)之前應(yīng)對(duì)其說明這項(xiàng)檢測(cè)的檢測(cè)范圍和局限性;4)需重視檢測(cè)前和檢測(cè)后的遺傳咨詢,并給出正確的咨詢意見;5)如果超聲檢查異常、家族有染色體異常病史、復(fù)發(fā)性流產(chǎn)、高齡、篩查陽性等,無論其NIPT結(jié)果如何,都應(yīng)對(duì)其進(jìn)行詳細(xì)的遺傳咨詢;6)NIPT發(fā)展迅速,臨床試驗(yàn)如火如荼,NSGC也將根據(jù)NIPT的發(fā)展調(diào)整遺傳咨詢的指導(dǎo)意見。

    2013年4月,ISPD再次發(fā)表指導(dǎo)意見(Benn等,2013),在此前的基礎(chǔ)上結(jié)合最新的進(jìn)展與出現(xiàn)的問題,提出一些新觀點(diǎn)。NIPT對(duì)性染色體的篩查率較低;當(dāng)發(fā)生雙胎一胎早期流產(chǎn)時(shí),結(jié)果將不準(zhǔn)確;對(duì)于嵌合體(包括局限性胎盤嵌合體),結(jié)果將不準(zhǔn)確。

    緊接著同年4月,美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)及基因組學(xué)學(xué)會(huì)(ACMG)在肯定NIPT極高的準(zhǔn)確率和較低的假陽性率的同時(shí),也針對(duì)NIPT的局限性、遺傳咨詢及臨床標(biāo)準(zhǔn)發(fā)表聲明。

    國(guó)內(nèi)衛(wèi)計(jì)委全國(guó)產(chǎn)前診斷技術(shù)專家組也于2012年就無創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行了論證(邊旭明等人、2012),指出該檢測(cè)技術(shù)是一種"近似于診斷水平"、"目標(biāo)疾病指向精確"的產(chǎn)前檢篩查新技術(shù),應(yīng)該與現(xiàn)行的產(chǎn)前篩查體系相結(jié)合,并準(zhǔn)確把握臨床適用人群,包括1)有介入性產(chǎn)前診斷禁忌癥者(先兆流產(chǎn)、發(fā)熱、有出血傾向、感染未愈等);2) 產(chǎn)前篩查高?;蚺R界高危孕婦(如風(fēng)險(xiǎn)率在1/270-1/1000);3) 珍貴兒,知情后拒絕介入性產(chǎn)前診斷的孕婦;4)對(duì)介入性產(chǎn)前診斷極度焦慮的孕婦;5)就診時(shí)處于較大孕周超出目前產(chǎn)前篩查范圍的孕婦。


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