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從基因組學(xué)focus精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)

2013-07-25 14:09 閱讀:1210 來源:中國科學(xué)報 作者:于* 責(zé)任編輯:于軍
[導(dǎo)讀] 今年是“人類基因組計劃”宣布完成10周年。選擇2003年結(jié)束這個計劃是為了紀(jì)念美國沃森和英國克里克兩位生物學(xué)家發(fā)現(xiàn)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)50周年,而沃森博士正是這個宏大計劃早期的實際推動者之一。

   今年是“人類基因組計劃”宣布完成10周年。選擇2003年結(jié)束這個計劃是為了紀(jì)念美國沃森和英國克里克兩位生物學(xué)家發(fā)現(xiàn)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)50周年,而沃森博士正是這個宏大計劃早期的實際推動者之一。

  科學(xué)界往往以重要人物和他們的重要科學(xué)發(fā)現(xiàn)及技術(shù)發(fā)明為里程碑。基因組學(xué)應(yīng)屬于分子生物學(xué)范疇,其學(xué)科的真正起點,應(yīng)該是1953年DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)和上世紀(jì)70年代初期DNA序列解讀技術(shù)的發(fā)明。因此,也可以說“人類基因組計劃”是50年來生命科學(xué)與技術(shù)發(fā)展的結(jié)晶。

  一次性解讀全部人類基因的DNA序列正是在分子生物學(xué)如火如荼的上世紀(jì)80年代初提出的。1983年和1984年美國NIH(**衛(wèi)生研究院)和DOE(能源部)分別組織了相關(guān)領(lǐng)域的科學(xué)家進(jìn)行了啟動大規(guī)模測序計劃可能性的研討,這就是“人類基因組計劃”的醞釀階段。1987年“人類基因組計劃”的智庫發(fā)表了《測定和繪制人類基因組圖譜》的報告,“計劃”進(jìn)入真正的實施階段。五年后,第一代熒光自動測序儀問世,“計劃”則進(jìn)入真正的數(shù)據(jù)獲取階段,并最終耗時15年完成。

  路線圖

  “人類基因組計劃”是一個預(yù)計斥資30億美元的大科學(xué)項目,在30年后的今天來看也是個不小的數(shù)字,可以與1939年美國斥資20億美元制造原子彈的“曼哈頓計劃”媲美。據(jù)最新估計,“人類基因組計劃”所創(chuàng)造的經(jīng)濟效益已經(jīng)達(dá)到一萬億美元。更重要的是,它的未來價值體現(xiàn)還在不斷繼續(xù)。

  早在“人類基因組計劃”完成之前,時任NIH基因組研究所所長考林斯就提出了“基因組結(jié)構(gòu)到基因組生物學(xué),再到疾病生物學(xué)和醫(yī)學(xué)科學(xué)”的路線圖,意在將這一計劃所產(chǎn)生的成果轉(zhuǎn)移到經(jīng)濟和社會效益上。

  2011年美國基因組學(xué)與生物醫(yī)學(xué)界的智庫又發(fā)表了《邁向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué):建立生物醫(yī)學(xué)與疾病新分類學(xué)的知識網(wǎng)絡(luò)》,宣示運用生物醫(yī)學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)研究的交匯,來編織新的知識網(wǎng)絡(luò)。

  華盛頓大學(xué)退休教授歐森博士是既參加起草了1987年“人類基因組計劃”宣言性報告,也參加了精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)報告的撰寫。他對精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的解釋是:“個性化”其實就是醫(yī)學(xué)實踐的正常形式,而分子水平信息的使用會使醫(yī)學(xué)更精準(zhǔn),因而是恰如其分的目的性描述。

  學(xué)醫(yī)出身的博士后,時任NIH基因組研究所所長的格潤,正在實踐著他30年來的一貫思想:大科學(xué)項目一定要有始有終、以直接造福社會為目的。只有這樣,主流科學(xué)家、**、社會才能支持這樣耗時十?dāng)?shù)年、耗資幾十億、集科學(xué)思想與技術(shù)集成為一體的大科學(xué)項目。

  精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)相關(guān)的大項目已經(jīng)規(guī)劃好?!秷蟾妗分苯咏ㄗh“百萬美國人基因組計劃”、“糖尿病代謝組計劃”等。就百萬人基因組測序而言,其單純DNA測序價格就在10億美元以上。鑒于英國醫(yī)學(xué)臨床資源不僅規(guī)范而且豐富,首相卡梅倫去年斥資一億英鎊啟動了“十萬人基因組測序計劃”。

  新境界

  基于基因結(jié)構(gòu)和序列變化的基因組學(xué)研究無疑已經(jīng)轉(zhuǎn)入到生物學(xué)和醫(yī)學(xué)核心命題的研究?;蚪M學(xué)技術(shù)和規(guī)?;奶卣鲗永m(xù)并發(fā)揚,大數(shù)據(jù)、復(fù)雜信息、新概念和知識等等,都在不斷地催生新的思維境界和新的思考。從“DNA到RNA再到蛋白質(zhì)”和各類“組學(xué)”研究,最終將是一種整合性、更高層次的消化和理解。20多年前美國科學(xué)家胡德提出的“多系統(tǒng)生物學(xué)”開辟了新的思維和方法,但是他并沒有將其研究內(nèi)容具體化。

  從基因組學(xué)(以DNA序列為研究主體)到基因組生物學(xué)(以生物學(xué)命題為研究主體),再到基于譜系的基因組生物學(xué)(以生物譜系,如哺乳動物為研究主體),是基因組學(xué)的“鳳凰涅槃”,也符合生物學(xué)的發(fā)展規(guī)律。

  基因組生物學(xué)目前至少有五個層面的思考。第一是“信息流”,延續(xù)“中心法則”的思維框架,包括遺傳學(xué)和分子進(jìn)化的所有研究內(nèi)容;第二是“操作流”,包括生理學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)和分子生物學(xué)研究的主要生物學(xué)命題;第三是“平衡流”,主要是藥理學(xué)和生物化學(xué)等學(xué)科的精華;第四是“分室流”,它涵蓋發(fā)育生物學(xué)、解剖學(xué)、生命起源等領(lǐng)域所涉及的核心科學(xué)問題;第五是“可塑流”,研究表型和行為的可塑性,前者囊括生態(tài)學(xué)與環(huán)境生物學(xué)的研究內(nèi)容,后者包括神經(jīng)生理和心理學(xué)等研究內(nèi)容在分子水平的命題。

  生命科學(xué)研究的真正挑戰(zhàn)在于如何將這些基于不同概念,由不同技術(shù)和方法獲取,被不同領(lǐng)域科學(xué)家們所收集,停留在各個不同理論和信息層面上的知識編織成一個有機的網(wǎng)絡(luò)。生物醫(yī)學(xué)研究與臨床醫(yī)學(xué)實踐的精準(zhǔn)度也正是由這些學(xué)科前沿的發(fā)展所決定。

  中國使命

  中國科學(xué)家在1999年適時參加了“人類基因組計劃”,并承擔(dān)了1%的任務(wù)。后來還參加了相關(guān)的國際性基因組研究計劃,比如“人類單倍體型圖計劃”等。這些科學(xué)計劃似乎并沒有在中國科學(xué)界引起“波瀾”,中國生命科學(xué)界迄今也沒有啟動足夠規(guī)模、具有劃時代意義的大項目,也沒有啟動能夠讓百姓大眾振奮的大計劃。

  生物醫(yī)學(xué)的發(fā)展趨勢一目了然。要實現(xiàn)精準(zhǔn),首先是測量技術(shù)。DNA測序已經(jīng)精確到單個核苷酸,因此單細(xì)胞和單分子(或超微量)技術(shù),將會引領(lǐng)未來體內(nèi)檢測技術(shù)的發(fā)展。DNA測序、質(zhì)譜、微流控、各類影像、微納加工等技術(shù)的國內(nèi)空白亟待填補。

  其次是數(shù)據(jù)獲取和綜合挖掘能力。中國超級計算機運算能力可以成為領(lǐng)先國際的水平,但實際的領(lǐng)域性應(yīng)用卻常常落后于國際同行水平。

  美國的NCBI和歐洲的EBI都是有著近30年歷史的生物信息中心,我國沒有;國際性大型文獻(xiàn)收集和檢索庫都在不斷擴張和更新,我國沒有。

  第三是臨床和自然資源的積累,也許我國可以從頭開始。最后是大項目的策劃和實施,我國顯然還正在研討和吸取經(jīng)驗。


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