許多研究人員相信遺傳性缺失(missing heritability)現(xiàn)象的解釋存在與少數(shù)人(少于2%)攜帶的罕見突變。這些突變可能對患病風(fēng)險有更大影響,介于影響較小的常見突變與極為罕見的孟德爾疾病突變之間。為了尋找處于中間地帶的突變,研究人員正借助新一代測序等方法快速解析數(shù)千人的外顯子組(基因組那1%的蛋白編碼區(qū)域)。
不過,這類對常見病有重要影響的罕見突變依然很難找。NIH旗下心肺、血液研究所的外顯子組測序項目ESP對6700個外顯子組進(jìn)行了測序,樣本來自患有特定心肺或血液疾?。ɑ蛴懈哐獕旱戎笜?biāo))的歐洲和非洲裔人。研究顯示,大多數(shù)疾病相關(guān)突變都極為罕見:往往一組里面只有一個人攜帶。于是研究人員又分析了位于同一基因上的多個突變,證實了一些已知關(guān)聯(lián)。例如,APOC3與的血液中甘油酸三酯水平低有關(guān)。此外,與甘油酸三酯水平有關(guān)的APOA5基因上的一系列突變,會使心臟病早發(fā)風(fēng)險提高2.3倍。不過總的來說,其他疾病風(fēng)險相關(guān)突變的作用并沒有預(yù)想那么大。
會議上還有兩項大型糖尿病外顯子組研究報告了初步結(jié)果。其中T2D-GENES Consortium分析了5300個(計劃10000個)二型糖尿病患者的外顯子組,據(jù)密歇根大學(xué)的Tanya Teslovich介紹,他們發(fā)現(xiàn)PAX4基因的SNP與東亞人二型糖尿病有關(guān),該研究未找到任何有很大影響的低頻突變。而另一項GoT2D糖尿病研究得到了2700位患者的外顯子組和全基因組數(shù)據(jù),據(jù)Broad研究院的博后Jason Flannick介紹,他們在尋找類似低頻突變的過程中也未有積極進(jìn)展。
“目前還為找到對疾病影響大的低頻突變,不過這可能也并不稀奇。”GoT2D項目主要研究者M(jìn)cCarthy說。因為今年早些時候有研究指出,在5000年前人口曾經(jīng)歷爆炸式增長。這在理論上會形成許多非常罕見的基因突變,這些突變很可能對疾病有影響但還未能在自然選擇中被淘汰,要尋找這些罕見的疾病風(fēng)險相關(guān)突變,可能需要對數(shù)萬人的基因組進(jìn)行分析。
一些遺傳學(xué)家正熱切希望能夠?qū)⒏魍怙@子組研究的數(shù)據(jù)結(jié)合起來,從而進(jìn)行足夠大量的分析。Leal指出,有時也可以在GWAS分析中尋找外顯子組研究所發(fā)現(xiàn)的罕見突變。此外在家族或隔離人群中尋找罕見突變也不失為一種潛在途徑。
也有些科學(xué)家認(rèn)為遺傳性缺失是源自于基因相互作用,Johns Hopkins大學(xué)的Harry Dietz就是其中之一。Dietz援引了自己對Marfan綜合癥的研究,這種疾病涉及一個主要基因與其他基因突變的相互作用。他指出,要找出常見疾病中的這類相互作用需要成千上萬的樣本。
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